線画の透過処理をする事で、彩色ができるようになります。

スキャンして読み込んだ線画は背景が透過されていないため、線画レイヤーよりも下にあるレイヤーで着色すると、色が表示されません。

用紙レイヤーを非表示にした際に、白部分が格子模様で表示されれば透過されている状態です。

左：白色の状態　右：透過状態

背景が不透明な線画の場合は、背景を透明にする処理を行う必要があります。

取り込んだ線画のレイヤーを選択し、[編集]メニュー→[輝度を透明度に変換]を選択し、白部分を透明に変換すれば、線画の下のレイヤーで彩色が可能になります。

なお、CLIP STUDIO PAINTに直接スキャンした画像や、[ファイル]メニュー→[読み込み]→[画像]から線画を読み込んだ場合、レイヤーの種類が画像素材レイヤーになっています。

画像素材レイヤーのままでは[輝度を透明度に変換]を実行することが出来ません。

[レイヤー]メニュー→[ラスタライズ]を選択し、ラスターレイヤーに変換してから[輝度を透明度に変換]を実行してください。